2009年1月22日
キッズコーナーをリニューアルオープン、名称を「むーんきっず」に。
2009年10月9日
Q&A(FAQ)に「栗名月とはなんですか」を追加。ここから、Q&Aの新システムへの移行を開始する。
2009年12月11日
「かぐや」コーナー内に『「かぐや」により明らかにされた真実　〜クレーター「ジョルダーノ・ブルーノ」は歴史時代にできたものか？〜』をオープン。探査の内容をドキュメンタリー的に解説する、月探査情報ステーションとしては新しい内容
2010年2月16日
むーんきっずに新コンテンツ「ムータンの宿題」が登場
2010年4月13日
ドメイン名を変更。これまで使用してきたmoon.jaxa.jpに代わり、独立したドメインmoonstation.jpを取得し、運用開始。
2010年5月10日
新ドメイン名に完全移行。
2010年6月13日
小惑星探査機「はやぶさ」地球に帰還。この1週間ほど前から、月探査情報ステーションでも「はやぶさ」関連のコンテンツの増強を開始し、このあと随時新しい情報を追加している。
2010年8月3日
新しい検索システムを導入。
2010年8月18日
Q&Aページの再編を開始。これまでQ&AとFAQに分かれていたものを統合し1つとして扱う。
2010年8月19日
寄付受領を開始。スポンサー募集も開始する。
2010年8月25日
5年ぶりとなるメールマガジン「フルムーンメール」の発行を開始。
2010年11月1日
渡辺教具製作所様が月探査情報ステーションのスポンサーに。
2010年11月20日
静岡県浜松市において、金星探査機「あかつき」に関連したイベント『金星を楽しむ！　「あかつき」と過ごすビーナスな午后』を実施。
2010年12月6日
サーバーをJAXA内よりレンタルサーバーへと切り替え。
2010年12月24日
JAXA側サーバーを停止。
2011年3月6日
Q&AとFAQの統合作業終了。
2011年3月11日
東日本大震災発生。本サイトは直接の影響を受けなかった。
2011年3月31日
JAXA側サーバーの運用を停止。これで名実共に月探査情報ステーションはJAXAの手を離れ、独立したサイトとして運営が始まることになる。
2011年5月8日
トップページに「がんばろう福島」バナーを掲載(その後「ふくしまからはじめよう」バナー)。
2011年7月30日
月探査情報ステーション編集長という肩書きで監修した本「はやぶさ君の冒険日誌」が毎日新聞社より出版。
2011年9月17日
Q&Aが新システムへ全面移行。同時にデザインを新しいデザインへとリニューアル。1年半以上かけて進めてきた改良と新システム移行が完了する。
2011年9月25日
「月探査機」コーナーを刷新。ナビゲーションの改良、カテゴリーの見直し、コンテンツの集約など多岐にわたる改良を実施。
2011年12月10日
天文関連アウトリーチ・教育イベント「ギャラクシーフォーラム」を開催。前年から開催していたものを本格的に実施。年約1回開催のペースで開催している。