2003年1月28日
トップページをリニューアル。いままでのデザインとはまた大きく代わり、「mission02」に近い、シンプルでポップなデザインとなった。
Flash技術を導入。クリックすることでカテゴリーがせり上がり、それぞれのコーナーを選択できるというデザイン。また、「今日の月」はトップページからダイレクトにアクセスできるようになった。
一部コンテンツの名称を変更。
新たに、「ツキノコヨミ」がコンテンツに加わる。これは、2001年に実施されていた「インパク」で公開されていたコンテンツを移設したもの。
月探査情報ステーショントップページ(2003年リニューアル)

2003年リニューアル時点の月探査情報ステーショントップページ

2003年5月27日
「MUSES-C」コーナー(「はやぶさ」)がオープン。
2003年5月30日
「将来の月探査」コーナーオープン。
2003年6月6日
携帯ページに「着信メロディ」がオープン。SELENE CGで使われていた楽曲を着信メロディとしてダウンロードできるようになっていた。
2003年6月12日
セレーネB計画(当時)のページをオープン。
2003年7月1日
火星探査を特集するコーナー「火星・赤い星へ」をオープン。8月の火星大接近、翌年の火星ローバ着陸を見越した動き。
2003年8月11日
火星大接近を特集したページ「マーズウィーク」のミラーリングを開始(12月1日まで)。
2003年8月14日
「月占い」のコーナー名を「月探査占い」に変更。
2003年10月1日
宇宙航空研究開発機構(JAXA)発足。URLが変更になる。主催者も変更。
2004年1月4日
「マーズ・エクスプロレーション・ローバ」着陸に合わせて情報を準リアルタイムで実況。
2004年7月2日
「世界の惑星探査」コーナー新設(当時は「トピックス」コーナー内だった)。
2004年7月8日
三菱電機サイエンスサイト「DSPACE」との連携企画「Planet Journey 〜月と土星へ2004〜」がスタート(9月まで)。
2004年11月16日
「月の雑学」第4話公開。
2004年11月30日
中国の月探査「嫦娥計画」のページオープン。
2004年12月1日
「月の雑学」第5話公開。